1966 год 24 августа
Зачислена в списки кораблей ВМФ;

1967 год 6 января
Сформирован экипаж в составе 15-й ЭскПЛ КчВФл КТОФ;

1967 год 9 февраля
Заложена на эллинге Ново-Адмиралтейского ССЗ в г.Ленинград как большая торпедная подводная лодка. Экипаж подчинен 39-й ОБрСРПЛ ЛенВМБ;

1967 год 15 апреля
Спущена на воду;

1967 год 28 декабря
Вступила в строй;

1968 год 11 января
Временно включена в состав ДКБФ. Вошла в состав 37-й ДиПЛ ДКБФ.;

1968 год 27 февраля
Перечислена в состав КСФ;

1968 год апрель
Перешла в Лиепаю на СРЗ-29 "Тосмаре", где прошла докование в сухом доке вместе с ПЛ Б-397. В доке на ПЛ наварили "ледовый пояс" и установили буксирное устройство;

1968 год июнь - июль
Совместно с ПЛ Б-397 осуществила (командир - Федоров В.А) межфлотский переход из Лиепаи в Полярный вокруг Скандинавии;

1968 год июль
Находилась в доке СРЗ-35 в п.Роста (Мурманск). Винты ПЛ были заменены на стальные;

1968 год август - сентябрь
Совместно с однотипной ПЛ Б-397 и еще 2 ПЛ осуществила межфлотский переход (командир - Федоров В.А) в составе 299-го ОДнПЛ ЭОН-78 по Севморпути из Екатерининской гавани (г.Полярный) в бухту Крашенинникова на Камчатке;

1968 год 27 сентября
Перечислена в состав КТОФя;

1968 год 7 октября
Вошла в состав 8-го ОДнПЛ 15-й ЭскПЛ КчВФл КТОФ с базированием на бухту Бечевинская;

1969 год 23 мая
Экипаж переведен во 2-ю линию по боевой подготовке;

1969 год 13 июня
Экипаж переведен в 1-ю линию по боевой подготовке;

1969 год июнь
Приняла участие в учениях "Восток";

1970 год 1 сентября
Экипаж находился в 1-й линии по боевой подготовке;

1970 год апрель
Приняла участие в маневрах "Океан";

1970 год 13 августа
Приняла участие в учениях по уничтожению КОН;

1971 год
Экипаж находился в 1-й линии по боевой подготовке;

1971 год 1 июля
Расформирован 8-й ОДнПЛ. ПЛ переданы в состав 182-й БрПЛ 15-й ЭскПЛ КчВФл КТОФ с прежним местом базирования;

1971 год 1 август
Переформирована в состав 182-й ОБрПЛ 15-й ЭскПЛ КчВФл КТОФ с прежним местом базирования;

1971 год
Выполнила задачи боевой службы (командир - Федоров В.А., второй командир - командир 336-го резервного экипажа Игнатенко Г.И.) в северной части Филиппинского моря в течении 60 суток. Обстановка в период боевой службы была осложнена тем, что на новых дизелях 42Д, установленных на двух лодках 641-го проекта 182-й ОБрПЛ (Б-39 и Б-397), проектировщиками были установлены газовые компенсаторы, рубашки которых не выдерживали длительной эксплуатации, прогорали, и дизельный отсек постоянно находился в черном дыму. К концу похода один главный двигатель вышел из стоя, два оставшихся давали только половину мощности. Возникли проблемы с зарядкой аккумуляторной батареи. Командир был вынужден запросить помощь. Вскоре в район пришла плавмастерская, с помощью которой главные двигатели были введены в строй, и лодка ушла во Владивосток. Назначенная Главнокомандующим Военно-морским флотом комиссия, сначала повесила вину на личный состав и даже грозила отдачей под суд виновных, но причина возгораний вскрылась случайно: командир моторной группы Шохин В.А. по своей инициативе с самого начала похода скурпулёзно вел дневник, в котором шаг за шагом записывал обстоятельства появления неисправностей и действия личного состава. Этот дневник попал в руки комиссии и помог выяснить причину неисправностей. Кроме того, положительную роль сыграл факт, что лодка выполнила боевую задачу и запросила помощь уже на пути в базу;

1971 год 1 ноября
Переформирована в состав 182-й ОБрПЛ КчВФл КТОФ с прежним местом базирования (директива ГШ ВМФ №730/1/01133 от 18.08.1971г.);

1974 год 27 июня - 1976 год 3 сентября
На СРЗ-49 в бухте Сельдевая (г.Вилючинск) прошла средний ремонт. Экипаж на время ремонта был подчинен 245-му ДнСРПЛ;

1976 год декабрь
Переведена в г.Владивосток;

1977 год январь
Перечислена в состав 19-й БрПЛ 6-й ЭскПЛ КТОФ с базированием на бухту Малый Улисс (г.Владивосток);

1977 год 20 ноября - 1978 год 15 мая
Выполнила задачи боевой службы (командир - кап.2р. Туйманов Э.И., командир 332-го резервного экипажа - кап.2р. Соколов А.А.) с научными целями под наименованием "Сириус" (ПЛ на время похода получила такое же бортовое наименование) по плану Академии Наук СССР совместно с ОИС "Леонид Соболев", в ходе которой совершила заход в г.Хобарт (Австралия, штат Тасмания);

1978 год - 1979 год
Участвовала в автономном плавании в Южно-китайском море;

1980 год
Совместно с ПЛ Б-397 принимала участие (командир - кап.2р. Туйманов Э.И.) в учении 8-й ОпЭск ВМФ. ПЛ произвели атаку отряда боевых кораблей;

1980 год - 1983 год март
Прошла средний ремонт с модернизацией в Дальзаводе в г.Владивосток. На время ремонта входила в состав 4-й БрСРПЛ 6-й ЭскПЛ КТОФ;

1983 год декабрь
Прибыла (командир - Шевченко В.А.) в ПМТО Камрань (СРВ). Подчинена командованию 38-й ДиПЛ КТОФ;

1983 год 6 декабря - 1984 год январь
Выполнила задачи боевой службы (командир - Шевченко В.А.) в Индийском океане;

1984 год - 1985 год
Выполняла задачи боевой подготовки и боевых служб (командир - Лавренев Ю.В.). Участвовала в походах с заходами в ПМТО Камрань (СРВ), порт Аден (НДР Йемен) и ПМТО на архипелаге Дахлак (Эфиопия) для производства планово-предупредительного ремонта, пополнения запасов и отдыха личного состава;

1985 год июнь
Участвовала в зачётно-тактическом учении "Поиск и атака конвоя" 17-й ОпЭск совместно с ПЛ Б-15 и Б-427 (возможно событие относится к 1986 году). Конвой включал в себя: ТР "Вента", ТН "Ижора", ПБ "Иван Вахрамеев", в охранении ЭМ "Резкий", 2-х СКР и 2-х МПК;

1985 год
Возвратилась к месту постоянного базирования в г.Владивосток;

1986 год - 1987 год
Выполнила задачи дальнего похода (командир - Иванов А.А.) в состав 38-й ДиПЛ КТОФ. Принимала участие в мероприятиях по поддержанию оперативной обстановки по планам 17-й ОпЭск ВМФ;

1986 год май
Находилась в ПМТО Камрань (СРВ) в подчиненении командования 38-й ДиПЛ КТОФ;

1986 год июнь
В КШУ 17-й ОпЭск на зачётно-тактическом учении "Поиск и атака конвоя" совместно с ПЛ Б-15 и Б-427 участвовала в составе завесы;

1987 год март
17-я ОпЭск инспектировалась комиссией Генерального штаба ВС СССР под руководством начальника управления Генерального штаба адмирала Сысоева Ю.А. Было проведено зачётное КШУ на тему: "Совместные боевые действия 17-й ОпЭск против ОБК и КОН". От 38-й ДиПЛ против КОН и ОБК действовали ПЛАРК К-144 с нанесением условного ракетного удара и дизельные ПЛ Б-39 и Б-397 с выполнением практической торпедной стрельбы (упражнение НТ-4);

1988 год
Входила в состав 19-й БрПЛ (с 01.04.1990 - 19-я ОБрПЛ ПрФлРС) 6-й ЭскПЛ (с 01.09.1989 по 01.04.1990 - 46-я ДиПЛ) КТОФ с базированием на бухту М.Улисс (г.Владивосток);

1988 год - 1989 год
Прошла средний ремонт на СРЗ-178 (г.Владивосток). На время ремонта входила в состав 4-й БрСРПЛ 6-й ЭскПЛ КТОФ;

1991 год март - октябрь
Выполнила задачи БС (командир - кап.2р. Шулико К.П.) в Индийском океане и была последней участницей походов лодок бригады в ПМТО Камрань (СРВ);

1994 год 5 июля
Исключена из состава ВМФ в связи со сдачей в ОРВИ для демонтажа и реализации. По данным источника 10 исключена - 18.12.1991г.;

1994 год 1 октября
Расформирован экипаж;

1996 год 30 апреля
Продана канадской фирме для использования в качестве экспоната музея подводного плавания;

1996 год лето
Отправлена на буксире из г.Владивосток в г.Ванкувер (Канада);

2000 год
Приняла участие в съемках 1 эпизода 4 сезона культового фантастического сериала Star Gate SG-1 - "Small Victories" ("Маленькие Победы"). Сценарий изначально был написан для рыболовного траулера, но после получения доступа к музейной ПЛ в Ванкувере (бывшая ПЛ Б-39) его откорректировали. В течение двух дней снималось несколько сцен внутри и снаружи подводной лодки. Часть сцен снимались на макете со съемными стенками, т.к. только три члена съемочной группы могли поместиться в отсеке настоящей ПЛ. Чтобы усилить тесноту подводной лодки, Мартин Вуд осветил корабль фонарями шлема актеров и выбрал волнующий стиль съемки. Логистика съемок и монтажа оказалась сложной и заняла много времени. "Small Victories" был номинирован на премию "Лучшие спецэффекты" 2001 года на Эмми, Gemini Award и Leo Award;

2002 год
Переведена в г.Сиэтл (США, округ Вашингтон);

2005 год 22 апреля
Переведена в г.Сан-Диего (США, штат Калифорния) и открыта для посещения как экспонат "Maritime Museum of San Diego";

2000 год
Приняла участие в съемках 1 эпизода 4 сезона культового фантастического сериала Star Gate SG-1 - "Small Victories" ("Маленькие Победы"). Сценарий изначально был написаны для рыболовного траулера, но после получения доступа к музейной ПЛ в Сан-Диего (бывшая ПЛ Б-39) его откорректировали. В течение двух дней снималось несколько сцен внутри и снаружи подводной лодки. Часть сцен снимались на макете со съемными стенками, т.к. только три члена съемочной группы могли поместиться в отсеке настоящей ПЛ. Чтобы усилить тесноту подводной лодки, Мартин Вуд осветил корабль фонарями шлема актеров и выбрал волнующий стиль съемки. Логистика съемок оказалась сложной и отнимающей много времени. "Small Victories" был номинирован на премию "Лучшие спецэффекты" 2001 года на Эмми, Gemini Award и Leo Award;

2013 год
На ПЛ была снята большая часть фильма "Phantom" с Эдом Харрисом и Дэвидом Духовны в главных ролях;

2019 год
ПЛ-музей родолжала использоваться как экспонат "Maritime Museum of San Diego". Была открыта для посещения;

2020 год
ПЛ-музей была закрыта для посещения из-за пандемии;

2021 год 3 октября
Рэймонд Эшли, президент и генеральный директор музея заявил, что несмотря на то, что прочный корпус ПЛ-музея еще в хорошем состоянии (герметичен), "но это не делает ее состояние косметически приемлемым в очень видном месте» (на фоне других экспонатов Музея). Корпус ПЛ будет отправлен в Энсенаду, где его ждет утилизация и переработка. ПЛ-музей ожидает одобрения береговой охраны США для перевода к месту утилизации;

2022 год 12 января
Отправлена из морского музея в Сан-Диего (США, штат Калифорния) к месту утилизации в мексиканскую Энсенаду.

По другим данным (более распространенным, но ошибочным) была продана "Armchair Travel Company" и переведена из Риги в Фолкстон (Великобритания, Folkestone Harbour, Kent), где использовалась как корабль-музей на плаву. На самом деле в этом случае речь идет о ПЛ Б-49.